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天啊噜,网上流出一张“单细胞测序鄙视链”图片!

2025-02-19 16:522240

生活中,似乎无处不在的"鄙视链"悄然影响着我们。

在我的家庭里,两个孩子对绿色心情和老冰棍情有独钟,这种喜好很大程度上受到了我的影响。

最近,随着我女儿小学毕业的脚步,她开始与同学们组织聚会,享受童年的最后时光。然而,在一次聚会后,女儿向我倾诉了她的困惑:她的同学们认为绿色心情和老冰棍太过普通,甚至有些"low"。

这些话语让她感到了冲击,她开始怀疑自己的喜好,并告诉我,她以后可能不会再吃这些雪糕了。

 01 
单细胞测序平台鄙视链

周末在一个行业群潜水的时候,突然看到一张所谓“单细胞测序平台鄙视链”,如果真的要分一个三六九等,这个真的就对么?

这显然是不对的。

10x Genomics作为龙头,那当然是大家都认可,毕竟是开创了一个新赛道。

然而,他就是无敌的么?

不一定啊。

从技术路径上来讲,10x Genomics用的微液滴法进行的单细胞分选。

出来的液滴大小相对固定,遇到一些长的不那么“标准”的细胞就会有问题,这也给了微孔板法的一些解决方案机会。

这里面比如新格元GEXSCOPE、寻因的SeekOne MM平台等,都是通过微孔板法来进行单细胞编码,也能够兼容形状特殊的细胞。

另外,各家还有各种有特色的技术。

比如M20 Genomics使用的随机引物扩增配合微孔板法,既可以做全长转录组,又可以解决无poly(A)尾RNA的物种RNA捕获问题。

都不在一个维度上pk,鄙视个毛线...

科学研究这东西不是说你买个最好的试剂、用最好的技术,就能堆出牛逼的文章。

先弄明白自己要做什么,然后再选择合适的工具,这才是科研思路。

求求了,别把鄙视链这个臭毛病带到单细胞圈了。


 02 

细数国内单细胞测序平台

(1)达普生物—Galaxy星海

Galaxy 星海单细胞测序建库仪其基于专利的微流控油包水单细胞包裹技术与微球编码配套技术,可快速实现大量单细胞及其转录组的标记,高效完成单细胞包裹与单细胞测序文库构建。其中转录组测序解决方案包括 Galaxy 系统及配套转录组全套建库试剂盒(试剂、芯片、磁力架等)、生信分析软件 StarScope。从仪器到配套试剂耗材,实现全面国产化。

此外,Galaxy 星海仪器设计灵活,便于下游实验接驳, 还可用于上下游蛋白与细胞层面的其他应用,如单克隆抗体筛选,微生物研究等,为单细胞研究提供更加广阔的应用场景。

产品优势:

性能优,可一次性分离数万细胞;

上样活,灵活选择1~4通道;

分析全,自主开发生信分析软件;

流程活,便于下游实验接驳;

应用广,同一机器多套方案。


(2)百迈客(百创)—DG1000

百迈客-DG1000基于微流控、油包水、Cell Barcode等技术来实现对单个细胞的捕获。DG1000使用可溶解的胶珠,通过胶珠上的带有Poly(dT)VN捕获来自于细胞的mRNA。仅需110s即可完成油包水的过程,减少离体细胞的应激反应。同时百创DG1000还具有配套的试剂盒套装与分析软件,用户可以根据自己所需完成从下机数据到细胞表达量矩阵的分析与构建。

总结DG1000优势:更便携友好的体积重量,更短的GEMs的生成时间,更灵活的芯片,更大的通道直径。

平台特点:

灵活通量:独立2×4芯片;

捕获细胞数:500-10000个;

捕获效率:65%,双胞率0.7%;

高细胞直径通道:高达60μm。


(3)净信生物—Drop-seq

早在2018年,净信生物就官宣将推出国产首款基于Drop-seq技术的单细胞平台,其原理与基于inDrop-seq技术的10x Genomics类似,即:利用微流控技术将细胞分开,并与带有特定条形码的磁珠混合。磁珠上的Poly(dT)将细胞内的信使RNA捕获。收集磁珠净信逆转录和扩增,得到测序所用的带有条形码的cDNA,但其逆转录的效率会更高。

此外,净信生物的单细胞制备仪是一种集成金属浴消化与温和剪切组织的新一代细胞悬液制备设备,应用于流式细胞术/单细胞测序/原代细胞培养等实验,可得到千万到百万级别的活细胞。

 产品应用:

单细胞测序(Single-Cell RNASeq)

多色流式分析(Multicolor Flow Cytometry)

质谱流式细胞计数(Mass Cytometry)

原代细胞分离培养(Primary Cell Isolation And Culture)

细胞治疗CAR-T


(4)华大智造—DNBelab C4

作为国产制造的“国货之光”,华大智造推出的DNBelab C4重新定义了单细胞测序研究,开启了千万细胞、超高通量的研究时代。

DNBelab C4采用自主设计的捕获磁珠,平均单个磁珠表面修饰有107条捕获序列,能够高效捕获目的分子;同时引入了自主研发的多磁珠识别技术,可有效提高细胞捕获效率以及获取细胞完整信息。此外,DNBelab C4小巧便携,被称为“装进口袋的单细胞实验室”。目前已官宣引进DNBelab C4的公司包括不限于:吉因加、嘉因生物、安诺优达、格致博雅、华银康医疗、裕策生物科技等。


(5)新格元—Singleron Matrix®

Singleron Matrix®采用定制化微孔芯片的方式,搭配配套模块,可将单细胞悬液分散到微流控芯片的微孔阵列中,并自动完成细胞分离、细胞裂解、核酸捕获、及其它后继步骤。操作人员仅需在实验开始前期,在模块对应的试剂槽中添加指定剂量试剂即可,无需进行人工值守,该仪器极大简化了单细胞测序文库构建的操作过程,增加了结果的稳定性及重复性,提高了整个样品制备的效率。此外,Singleron PythoN™组织解离仪的解离成功率高达92%,常规样本解离后得到的细胞活性>90%,细胞得率>10000cells/mg。

平台特点:

细胞捕获数:500-30000/芯片;

高稳定性:自动化操作,提高稳定性;

适用性广:适用各种细胞类型,能同时进行转录组和免疫组库研究。


(6)墨卓生物—MobiNova-100

墨卓生物的MobiNova®-100采用用LightCutTM光激发分离分子标签技术。这项技术可避免溶解微球的方式产生聚丙烯酰胺寡聚物的问题,减少对核酸捕获体系的干扰,从而提高捕获效率及反转录效率。微流控管道设计方面也做了进一步升级,将核酸捕获时间缩短至10min,可进一步降低mRNA降解风险,提高实验效率。

此外, MobiMicrobe™微生物高通量单细胞基因组测序技术带领微生物的研究进入高通量单细胞时代,研究成果经世界顶级期刊《Science》发表并引起广泛关注,是目前唯一可提供单细胞微生物测序的商业仪器。

平台特点:

高通量:单次最高细胞捕获数目大于10000个,细胞捕获率高于70%,多胞率小于5%;

灵活性:一次可运行4个样本,彼此相互独立;

高性价比:价格便宜、适用场景广泛。


(7)寻因生物—Seekone DD

SeekOne ®是寻因生物自主研发拥有知识产权的高通量单细胞建库平台,包含单细胞标记两大主流技术:油包水法SeekOne®DD和微孔芯片法SeekOne®MM。

SeekOne®DD是国内首个商业化的油包水单细胞平台,其优势是3分钟生成15万微液滴,避免RNA的降解,高效完成单细胞的分离标记,搭配寻因生物相对应的试剂盒可以完成不同的科研需求;SeekOne®MM系统最大的优势是无需配备大型仪器,高度便携化的设计可满足更多实验需求。

平台特点:

通量灵活:一次可运行1~8个样本;单个通道最高可捕获1.2W个细胞;

细胞捕获率:细胞捕获率高达60-65%;

多胞率:<7%;

兼容性好:能兼容5~40 μm不同类型的细胞。


(8)万乘基因—10K Genomics

万乘基因的10K Genomics液滴微流控单细胞测序仪搭载自主研发芯片,核心部件实现全国产化,用户可以根据样本数量选择芯片数目,兼顾高通量、高捕获率和应用灵活性,相比进口设备更贴合临床和工业使用需求。

万乘基因优化了细胞核测序的技术,在大大降低对样本量需求的前提下细胞核核产出率数倍于细胞消化,且检出基因数远优于当前10x Genomics平台的解决方案。此外,在单细胞测序样本制备完成后,采用固定及冰冻保存方式,相比传统的新鲜样本或者样本保存液方式,保存时间更长,便于对临床样本开展回溯性单细胞分析。

平台特点:

高通量:可同时检测4个样本,每个样本可测20000个细胞,且每个样本独立运行;

高捕获率:一次性可获得100-20000个有效细胞,捕获率在50%以上;

多种应用途径:同时进行单细胞转录组、DNA、ATAC、甲基化、Chip-seq(官网数据)。


(9)德运康瑞—Well-Paired-Seq

高通量单细胞测序平台(Well-Paired-Seq)包括自动化单细胞测序文库构建系统DECODER , 芯片试剂盒、反转录与扩增试剂盒、文库构建试剂盒及相关生信分析工具。在双孔嵌套式芯片的基础上,协同局部准静态流体力学和尺寸排阻原理,实现细胞和编码微球高效精准“配对”,利用准静态流体力学特性有效清洗背景,具有高效的细胞捕获率、细胞/微球配对效率以及游离RNA去除等优势,实现高通量细胞捕获、高灵敏基因检出和单细胞高保真分子解析。

Well-Paired-Seq单细胞平台诸多优势建立在单细胞捕获芯片的创新设计之上,捕获芯片首次采用了“双孔嵌套”式设计,利用局部准静态流体力学和尺寸排阻原理,巧妙设计大小孔嵌套方式形成微孔腔室,小孔捕获细胞,大孔捕获微球,可实现超60%的细胞捕获效率;通过芯片流体冲洗,可去除多余的细胞、细胞碎片、细胞团、游离RNA等背景杂质,是首款集成“降噪”功能的单细胞处理芯片。

产品优势

(1)高通量,单张芯片即可完成1万个细胞捕获和单细胞测序分析

(2)高灵敏,基因检出数量优异,且有效检出稀有细胞类型

(3)高效率,细胞捕获效率稳定在60%左右,提高样本细胞利用率

(4)高保真,在芯片上直接清洗游离RNA等杂质,降低背景干扰

(5)高质量,专利技术减少微孔交叉污染还原细胞真实分子表达信息


(10)跃真—M20 Genomics

M20 Genomics基于微流控技术,完全自主设计的单细胞平台突破了单细胞测序技术对冻存或FFPE固定组织无法进行有效检测的瓶颈,实现了高通量单细胞 RNA的全长覆盖读取;同时,M20 Genomics是国内首款针对细菌的高通量单细胞RNA测序平台,其检测过大肠杆菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌等多种类型的细菌,大部分样本的单个细菌中可以检测到上千个基因,助力细菌新的耐药和持留机制的研究发现。

平台特点:

单独阀路控制,单个芯片内4路流体单独阀路控制,上样时无需注油至其他空路;

芯片身份识别,芯片内部扫码“识别身份”,自动匹配运行程序;

水汽过滤系统,内置水汽过滤系统,防止液体进入气路,保证仪器运行稳定,延长设备寿命;

气压精准控制,精准控制流道气体,确保快速稳定生成液滴。

当然,还有没有出现在“鄙视链”的其他品牌,比如瑞沃德的单细胞悬液制备仪,成都导胜单细胞悬液制备系统,达科为Biosci®组织单细胞制备仪等。

可以看出,行业对这个单细胞测序市场还是持积极肯定的态度的。


 03 
小结

竞争是一件非常正常的事情,品牌会有自己的定位,各有各的生态;只要他解决了自己客户的问题,没有必要去制造一些鄙视链。 

拼多多一直被鄙视,但是它现在的市值超过了电商巨无霸的阿里巴巴。我这里倒不是唯市值论,也不是代表我认可拼多多的营销方式。 

我只是希望大家尊重市场,当中产被教育、医疗和房产裹挟,被迫下沉后,拼多多解决了大家对性价比的需求。

本文部分内容参考了【循因缉药】和【菲沙基因组医学】!


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